ggplot2

軸範囲制御

ggplot2でグラフを作成した際に、外れ値の影響で本質部分が見づらくなった時用の調整方法。

How to set limits for axes in ggplot2 R plots? - Stack Overflow にあるように2つの方法がある。ほとんどの場合は問題ないと思われるが、範囲外のデータを削るか、表示範囲を変更しているだけかという違いがある。

範囲外のデータを削る方法（非推奨）

scale_x_continuous(limits = c(-5000, 5000))

表示範囲の制限のみを行う方法（推奨）

coord_cartesian(xlim = c(-5000, 5000))

こちらについては簡単には以下のように書くことができる。「coord_cartesian」関数が裏にあることは認識しておくこと。

+ xlim(-5000, 5000)

knitr::include_graphics("img/ggplot2-zooming.png")

縦軸と横軸を入れ替えるために「coord_flip()」を用いている場合は「coor_cartesian()」と同時に用いることができないが、

+ coord_flip(ylim = c(3,5), xlim = c(100, 400))

のように書いてやればデータを失わずに軸の入れ替えと表示範囲の調節を行うことができる。

軸ラベル操作

軸の目盛範囲制御はggplot2での軸範囲制御へ。

ggplot2を使って、軸を制御する-3 - Mukku John Blog ggplot2 axis ticks : A guide to customize tick marks and labels - Easy Guides - Wiki - STHDA

グラフ要素の削除

ggplot2のx軸やラベル、目盛など多くの要素をコントロールできる。同じようなグラフをgridExtraなどを用いて並べる際に、同じx軸がダブらないようにするときなどに用いることができる。

「opts」とかは古いので使わない。以下を適宜コメントアウトして使用する。

+ theme(axis.line.x = element_blank(),
      axis.line.y = element_blank(),
      axis.text.x = element_blank(),
      axis.text.y = element_blank(),
      axis.ticks.x  = element_blank(),
      axis.ticks.y = element_blank(),
      axis.title.x = element_blank(),
      axis.title.y = element_blank(),
      legend.position = "none",
      panel.background = element_blank(),
      panel.border = element_blank(),
      panel.grid.major = element_blank(),
      panel.grid.minor = element_blank(),
      plot.background = element_blank()
)

ggplot2 axis ticks : A guide to customize tick marks and labels - Easy Guides - Wiki - STHDA

直線やアノテーションの追加

+ geom_hline(yintercept = 5,linetype = "dashed", colour = "blue")
+ geom_vline(xintercept = 2, colour = "red")
+ geom_abline(intercept = 6, slope = -0.6)
+ annotate("text", label = "plots", x = 5, y = 2, fontface = "italic")
+ annotate("text", label = "y == -0.6 * x + 6", x = 5, y = 4, parse = TRUE)

Farewell to Low-tech: ggplot2で作図６：直線とテキストの入れ方

複数グラフ・表の整列

gridExtraでやるのはお手軽だが、幅を揃えたりの細かいことは苦手。結局cowplot最強な感じだったような。

• Grobオブジェクトにした上でrbind/cbindを使う
• theme()で余白も調節する
• Grobにしておけばlegend（凡例）も別口で取り出せる
• グラフ要素の削除で共通のx軸とかは削除できる

r - Arrange ggplot plots (grobs with same widths) using gtable to create 2x2 layout - Stack Overflow RPubs - ggplot2を並べる ggplot2、grid、gtable、gridExtraの関係とか - Technically, technophobic.

ggpubr::ggboxplotでadd = "``jitter``"が元グラフのグループ分けに従わない

右の図のようにしたいのに左の図のようになってしまう。

knitr::include_graphics(path = "img/ggplot2-3.0.0-jitter.png")

# ggpubr::ggboxplot jitter @ggplot2 v3.0.0 --------------------------------
library(ggplot2)
library(ggpubr)

# Load data
data("ToothGrowth")
df <- ToothGrowth

# results of add = "jitter" -----------------------------------------------
ggpubr::ggboxplot(df, "dose", "len", color = "supp",
          add = "jitter",
          palette = c("#00AFBB", "#E7B800"))

# expected results @ggplot v2.2.1 and tempolary code ----------------------
ggpubr::ggboxplot(df, "dose", "len", color = "supp",
          palette = c("#00AFBB", "#E7B800")) +
  geom_point(aes(fill = supp, color = supp), position = position_jitterdodge())