RStudioの設定

General

再現可能性を高めるため、.RDataなどの自動保存は使わず、.RDSの単体データファイルで保存するようにする。

Code

テーマはSolaraizedテーマの通りに設定。フォントはRicty Discord。エディタはVimキーバインドに。 毎回「:imap jj 」とすればそのセッション中は「jj」でEscの代わりになるがこの設定を保存できない？

カスタムキーボードショートカット

メニュー項目になく、かつもともとショートカットが設定されていないものについては残念ながらBetterTouchToolでは設定できないので個別に手動設定。

  • ⌘+⇧+,：Insert Assignment Operator （<-をうまく入力してくれる）

RStudio環境かどうかの判定

Sys.getenv("RSTUDIO")はRStudioでは“1”、それ以外では""を返すので、!is.na(Sys.getenv("RSTUDIO", unset = NA))で判定可能

あるいはrstudioapi::isAvailable()でも行けるか？ただこちらはR --vanillaではloadNamespace(name)エラーが出て動かない。

macの標準日本語変換とのショートカット被り対策

View > Move Focus to SourceとView > Move Focus to ConsoleのショートカットキーがそれぞれCtrl + 1, Ctrl + 2になっており、これがmacOSの標準日本語入力の「関連文字に変換」と「部品の共通な漢字を検索」と被ってしまっているため利用できない。

解決策としては

  1. 「システム環境設定 > キーボード > ショートカット > アプリケーション」からショートカットを追加
  2. BetterTouchToolでRStudioでショートカットを上書き

の2通りがあるが、1.の方法では使用するmac毎に設定の必要がある上にいまいち挙動が不安定な印象があることから、2.の方法を採用している。

1. ショートカット追加

2. BetterTouchToolでショートカット上書き

こちらの方が確実に動作し、かつ同期機能を使えば設定1回で済むため採用。

RStudioのTerminalでキー入力が効かない

macOSのターミナルやRStudioの他のウインドウでは全く問題ないのに、ターミナルでだけ効かなくなる。入力方法を「U.S.」と「ひらがな」の組み合わせにすることでひとまずは解決する。「日本語」の「英字」と「ひらがな」にしていたため起こった模様。「英字」でも他のアプリケーションで問題になったことはなかったが……。報告は一応した。 Terminal in RStudio doesn’t accept key input from Japanese Romaji input source (normally works like U.S. mode) · Issue #2243 · rstudio/rstudio

R Project

RStudio で利用できるプロジェクト管理。Rのメモや学会発表・論文ごとに区切ることで雑多になりすぎずに管理できそう。またRStudioをプロジェクトごとに別プロセスで立ち上げることができる。

特に学会発表や論文用では再現性の確保のためにも

  • Gitによるバージョン管理＠RStudio
  • Packrat によるプロジェクト内でのパッケージバージョン管理

が可能なのは大きい。

Gitによる管理についてはRStudioではじめるGitによるバージョン管理 - Qiitaに全てまとまっている。

.Rprofile     ## プロジェクト用の設定
.gitignore    ## バージョン管理しないファイルやフォルダを指定
data          ## 元データファイルや整形したR用のデータファイル
img           ## 説明などに使う外部イメージなど
plot          ## 出力したグラフなどの図
packrat       ## パッケージバージョン管理用（自動作成）
プロジェクト名.Rproj
各分析用ファイルなど.Rmd
その結果表示用.html

のような構成になる。packratはそれなりに容量を食うので学会発表・論文用のものに限った方がよさそう。

解析のためのフォルダ構成 - Qiitaが一番良さそう？

Pythonメインになるが資料

Gitによるバージョン管理

knitr::include_graphics("img/RStudio-GitPanel.png")

GitHubとの連携

RStudioではじめるGitによるバージョン管理：リモートリポジトリを設定するをよく読む。

既存のGitHubレポジトリをRStudioで扱う場合

File > New Projectで出てくるダイアログでVersion Control、Gitと選択してGitHubのgitアドレスを入力、どのディレクトリの下にプロジェクトディレクトリを作るかを決めるだけ。

git管理しているプロジェクトをGitHubへ

Gitタブの歯車アイコン > Shellかターミナルでプロジェクトディレクトリにcdしてから

git remote add origin https://github.com/"GitHubのユーザ名"/"リポジトリ名".git

で登録される。git remote -vで設定を確認できる。

TODO: 使用するGitコマンドの設定

RStudioのデフォルトでは/usr/bin/gitが設定されている。Homebrewを使ってインストールしていると/usr/local/bin/gitに最新版があるが、これはシンボリックリンクなので実体は/usr/local/Cellar/git/2.20.1/bin/gitのようになっている。RStudioの設定から/usr/local/bin/gitを選択すると、/usr/local/Cellar/git/2.20.1/bin/gitに設定されてしまう。これだとHomebrewでアップデートした際に問題が生じそう。とりあえずmacOS mojaveのプリインストール版でも問題はなさそうなのでそのままにすることにする。

$ /usr/bin/git --version
git version 2.17.2 (Apple Git-113)

$ /usr/local/bin/git --version
git version 2.20.1