Table

tableone

医学論文の患者さんのcharacteristicsをまとめたいわゆる「Table 1」を簡単に作成するためのパッケージ吉田和樹さんが作られている。多分便利なのでPython版も存在する。

finalfitパッケージの方が最終的には解析も含めてできるのでお手軽そうだが、現状では

• total と stratのマージがうまくできない
• meanを使うかmedianを使うかが個別に設定できない

という大きな問題点もあり、これが解決されるまではこちらを利用することになりそう。

• kaz-yos/tableone: R package to create “Table 1”, description of baseline characteristics
• CRAN - Package tableone
• RPubs - tableone: 医学研究で必要な“表1”を作成するRパッケージ
• R package’tableone’のCreateTableOne関数で表1を書く - 統計学と疫学と時々、助教生活

CreateTableOne()

CreateTableOne(
    vars,
    strata,
    data,
    factorVars,
    includeNA = FALSE,
    test = TRUE,
    testApprox = chisq.test,
    argsApprox = list(correct = TRUE),
    testExact = fisher.test,
    argsExact = list(workspace = 2 * 10^5),
    testNormal = oneway.test,
    argsNormal = list(var.equal = TRUE),
    testNonNormal = kruskal.test,
    argsNonNormal = list(NULL),
    smd = TRUE)

全体・層別の両方を統合した表を作成する

これがオプション一発とかでできるとありがたいのだが。alfredのsnipetにRtable1 で展開されるようにテンプレート登録済み

1. 必要なパッケージを読み込み
2. データ読み込み、利用する変数をdplyr::select()で選択、必要なら変数作成
3. labelled::var_label()で変数に出力用のラベルを設定
4. 各種変数リストを作成
5. nonnormalVars：非正規分布する変数
6. factorVars：数値として入っているカテゴリカル変数のリスト
7. cramVars：１行で表示したいカテゴリ変数のリスト
8. exactVars：exact testで扱いたい変数のリスト
9. stratVar：層別化したい変数
10. 全体および層別のtableoneオブジェクトを生成する
11. そのprint出力をオブジェクトに格納
12. cbindを用いてmatrixを結合

13. knitr::kable()とkableExtra::kable_as_imageで\[\LaTeX\]的な表をpng出力

    # 全体および層別のtableoneオブジェクトを作成 total1 <- tableone::CreateTableOne(data = d1) strat1 <- tableone::CreateTableOne(data = d1, strat = stratVar)

    # print出力をオブジェクトに格納 # https://github.com/kaz-yos/tableone/issues/10 total1.matrix <- print(total1, printToggle = FALSE, noSpaces = TRUE, varLabels = TRUE, explain = TRUE, nonnormal = nonnormalVars, cramVars = cramVars)

    strat1.matrix <- print(strat1, printToggle = FALSE, noSpaces = TRUE, varLabels = TRUE, explain = TRUE, nonnormal = nonnormalVars, cramVars = cramVars, exact = exactVars)

    # cbindでmatrixを結合 table1 <- cbind(total1.matrix, strat1.matrix) # readr::write_rds(table1, “data/table1.RDS”)

tableoneでlabelの使用

いちいち変数をrenameするのは大変。Ver 0.9.0でlabelled::var_labelによるラベルのサポートが開始。printの中でvarLabels = TRUEとしてやれば良い。

Release Variable Label Support · kaz-yos/tableone

var_labelの使い方

もちろん一つずつ設定もできるが

var_label(iris$Sepal.Length) <- "Length of sepal"

まとめて設定することもできる。

var_label(iris) <- list(Petal.Length = "Length of petal",
                        Petal.Width = "Width of Petal")

行名の「(mean (sd))」を消すには

printでexplain = FALSEを指定すれば消すことができる。

kableでLaTeX出力

kableやkableExtraを利用して表を\[\LaTeX\]→png出力する際のメモ

kable(x, format = "latex", row.names=FALSE, align=c("l", "l", "r", "r", "r"),
     caption = "Table1 in LaTeX format", booktabs = T, linesep = "") %>% 
kableExtra::kable_as_image(filename = NULL, file_format = "png",
               latex_header_includes = NULL, keep_pdf = FALSE, density = 300,
               keep_tex = FALSE)

table1 %>%
  as.data.frame() %>%
  kable("latex", row.names=FALSE, align=c("l", "l", "r", "r", "r"),
     caption = "Table1 in LaTeX format", booktabs = T, linesep = "") %>% 
  kable_as_image("table1")

kableExtra::kable_as_image(…, keep_tex = TRUE)