GGally

ggpmisc ggplot2 に主にアノテーションや統計モデル関連の情報を表示するための機能を追加してくれるパッケージ。 CRAN - Package ggpmisc

ggmosaic ggplot2 でモザイクプロットを出力するためのパッケージ

CRAN - Package ggmosaic

ggpubr

ggpubr ggplot2をベースに、より簡単に出版レベルの図を書くためのパッケージ。有意差検定まで付け加えることができる。すごすぎる。色付けについても、「ggsci」パッケージをインストールしておけば「 +ggsci 」パッケージからいくつかがデフォルトで使えるようになっている。

CRAN - Package ggpubr ‘ggplot2’ Based Publication Ready Plots • ggpubr

【各関数のドキュメント】 ggpubr package | R Documentation

学会発表のためのggplot2の設定めも - Qiita

複数の図をまとめて並べる方法 ggplot2 - Easy Way to Mix Multiple Graphs on The Same Page - Articles - STHDA

【散布図】 Perfect Scatter Plots with Correlation and Marginal Histograms - Articles - STHDA

plotは群別した上で回帰直線は全体で描きたい場合は「add.params」の中で回帰直線の色を別で指定すれば良い。

graftRL %>%
  ggscatter(x = "Graft_frac", y = "PTINR_POD1",
            # plotの色・形分けはしたいが相関係数とかは全体で出したい時の表現
            # add.paramsで指定する
            add = "reg.line",
            add.params = list(color = "black", fill = "lightgray"),
            conf.int = TRUE,
            color = "Graft",
            palette = "lancet",
            shape = "Graft"
            ) +
  stat_cor() +
  coord_fixed(ratio = 20 / 1) +
  scale_y_continuous(breaks = seq(0.5, 2.0, 0.2)) +
  scale_x_continuous(breaks = seq(30, 70, 5))

散布図の軸に合わせて箱ひげ図やdensityをつけたいときは以下のように ggpubrで散布図とdensity/boxplotの複合図

【有意差バーの付け方】 Add P-values and Significance Levels to ggplots - Articles - STHDA

stat_compare_means function | R Documentation compare_means function | R Documentation

【histogram + density plotでy軸を合わせる】

gghistogramのadd_densityで付け加えられるdensity plotのy軸相対値がいじりたいなあ →通常のggplotの場合と同様、histglamのy軸はデフォルトではカウントになっているので、これをdensityにする。

gghistogram(data, x = "x var", y = "..density..", binwidth = 0.1, alpha = 0.5,
                  add = "mean", # mean or median
                  add_density = TRUE)

「“..density..”」と囲むのを忘れずに。

ggpubrで散布図とdensity/boxplotの複合図

Plot Two Continuous Variables: Scatter Graph and Alternatives - Articles - STHDA

ggpubrでx軸・y軸に沿って（余白なしで）密度プロットや箱ひげ図をくっつける方法

[ ] ggpubrで直接できるようになってる？ ggscatterhistをチェック @Yuho T

#
# scatterとdensityの複合図余白なし
#

# Main plot
pmain <- graftRL %>%
  ggscatter(x = "Graft_frac", y = "PTINR_POD1",
            # plotの色・形分けはしたいが相関係数とかは全体で出したい時の表現
            # add.paramsで指定する
            add = "reg.line",
            add.params = list(color = "black", fill = "lightgray"),
            conf.int = TRUE,
            color = "Graft",
            palette = "lancet",
            shape = "Graft"
            ) +
  stat_cor() +
  coord_fixed(ratio = 30 / 1) +
  scale_y_continuous(breaks = seq(0.5, 2.0, 0.2)) +
  scale_x_continuous(breaks = seq(30, 70, 5))
# Marginal densities along x axis
xdens <- axis_canvas(pmain, axis = "x") +
  geom_density(data = graftRL, aes(x = Graft_frac, fill = Graft),
              alpha = 0.7, size = 0.2)+
  ggpubr::fill_palette("lancet")
# Marginal densities along y axis
# Need to set coord_flip = TRUE, if you plan to use coord_flip()
ydens <- axis_canvas(pmain, axis = "y", coord_flip = TRUE)+
  geom_density(data = graftRL, aes(x = PTINR_POD1, fill = Graft),
                alpha = 0.7, size = 0.2)+
  coord_flip()+
  ggpubr::fill_palette("lancet")
p1 <- insert_xaxis_grob(pmain, xdens, grid::unit(.2, "null"), position = "top")
p2 <- insert_yaxis_grob(p1, ydens, grid::unit(.2, "null"), position = "right")
ggdraw(p2)

#
# scatterとboxplotの複合図余白なし
#

# Main plot
pmain2 <- graftRL %>%
  ggscatter(x = "Graft_frac", y = "PTINR_POD1",
            # plotの色・形分けはしたいが相関係数とかは全体で出したい時の表現
            # add.paramsで指定する
            add = "reg.line",
            add.params = list(color = "black", fill = "lightgray"),
            conf.int = TRUE,
            color = "Graft",
            palette = "lancet",
            shape = "Graft"
            ) +
  stat_cor() +
  coord_fixed(ratio = 30 / 1) +
  scale_y_continuous(breaks = seq(0.5, 2.0, 0.2)) +
  scale_x_continuous(breaks = seq(30, 70, 5))
# Marginal densities along x axis
xbox <- axis_canvas(pmain2, axis = "x", coord_flip = TRUE) +
  geom_boxplot(data = graftRL, aes(y = Graft_frac, x = Graft, color = Graft),
              alpha = 0.7, size = 0.2) +
  scale_x_discrete() +
  coord_flip() +
  ggpubr::color_palette("lancet")
# Marginal densities along y axis
# Need to set coord_flip = TRUE, if you plan to use coord_flip()
ybox <- axis_canvas(pmain2, axis = "y") +
  geom_boxplot(data = graftRL, aes(y = PTINR_POD1, x = Graft, color = Graft),
                alpha = 0.7, size = 0.2) +
  scale_x_discrete() +
  ggpubr::color_palette("lancet")
p1 <- insert_xaxis_grob(pmain2, xbox, grid::unit(.2, "null"), position = "top")
p2 <- insert_yaxis_grob(p1, ybox, grid::unit(.2, "null"), position = "right")
ggdraw(p2)