Rのパッケージ管理

パッケージのアップデートトラブル

バイナリでアップデートする時は問題が生じたことはないが、ソースからビルドすることを選択した場合に遭遇したエラーの解決方法。macOSのリンク？の問題と、自分で設定した.RprofileでのrequireNamespaceによるunloadNamespaceエラーの2点。

ld: warning: text-based stub file /System/Library/Frameworks//CoreFoundation.framework/CoreFoundation.tbd and library file /System/Library/Frameworks//CoreFoundation.framework/CoreFoundation are out of sync.

sudo ln -s  /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/System/Library/Frameworks/CoreFoundation.framework /Library/Frameworks/CoreFoundation.framework

Error in unloadNamespace(pkg_name) : 
  namespace ‘purrr’ is imported by ‘tidyselect’ so cannot be unloaded

if (is.na(Sys.getenv("NO_ADDITIONAL_PACKAGES", unset = NA)) && (requireNamespace("ggplot2", quietly = TRUE)))
    ## ggplot2でのフォント設定
  ggplot2::theme_set(ggplot2::theme_bw(base_family="sans"))
  ## ggplot2の色設定
  options(ggplot2.continuous.colour = "viridis",
          ggplot2.continuous.fill = "viridis")
}

パッケージのインストールとロード

devtools

Bioconductor

Bioconductor - Install

下の方に書いてある方法が検索するとしばしば使われているが古い方法（R < 3.5.0）

packratで再現性の確保

Packrat: Reproducible package management for R

rstudio/packrat: Packrat is a dependency management system for R

• git管理するファイル、しないファイル

• キャッシュ使用するか

• Packratの使い道を考えてみた - Qiita
• packratで人類の拡大再生産に貢献する - 盆栽日記

• Packrat Webinar

• packrat管理中のプロジェクトでは.Rprofileでの追加パッケージ読み込みは適さない

R言語 でのPackratパッケージを用いた環境管理。普段はあまり意味がないと思われるが、論文解析のために行なっている場合は使用したソフトやパッケージのバージョン情報が必要になるため +Rコードの再現可能性 の為にも利用することになりそう。あとメジャーアップデートでコードが動かなくなったり、図が意図と変わったりしてはまらないように（ggplot2の3.0でハマった）。

基本的にはプロジェクトで使用するバージョンのパッケージを「Packratによる仮想環境」にインストールして利用する感じ。その分記憶容量もかさむことになる。 +Rで古いバージョンのパッケージをインストールする 方法で適宜その環境に適したバージョンのパッケージをインストールすることになる。

初期設定は+Packrat: 初期設定 から。プロジェクト内にしようしているパッケージバージョンのソースコードが格納され、.Renvironでグローバルキャッシュを設定すればパッケージそのものは共用してくれるとはいえ、それなりの量のファイル数と容量を使用することに注意。とは言え再現可能性を高めるためにはパッケージ関連に関してはこれしかないか。巨大なパッケージについては特別に通常インストールの物を使うように設定することもできる。

運用方法

packrat::init()は終了している前提で。 packrat::status()で最新のsnapshotからの変更状況を確認。packrat::snapshot()で現在の状態をスナップショットに、packrat::restore()で最新のsnapshotの状態に復元。GUIで結構やってくれる。使われていないパッケージをpackrat管理から消すにはpackrat::clean()だが、消す方は自動でスナップショットは取ってくれないので手動で。

snapshot private library restore

初期設定

同じパッケージバージョンの時用のグローバルキャッシュを設定して多少はリソースを節約、開発版を使用、プロジェクト作成時の初期設定。

.Renvironの設定

global cacheを使うためにR_PACKRAT_CACHE_DIR変数を設定しておく。

R_PACKRAT_CACHE_DIR=${HOME}/Dropbox/.R/packrat

に設定。ソースコードは各プロジェクト内のpackratフォルダ以下になるが、実行ファイルはこちらに集約できる模様。 →Dropbox的にはシンボリックリンクは使って欲しくないそうなので廃止方向へ。

.Rprofileの設定

すでに対応済みだが、+R環境設定: .Rprofile にあるように読み込まれる順番が決まっており、packratの初期化コードはプロジェクトのディレクトリの.Rprofileに書き込まれるため、+R環境設定: プロジェクトの「.Rprofile」を読み込む のようにしてこれも読み込まれるようにしてやる必要がある。

開発版のpackratを使用するなら devtools::install_github(“rstudio/packrat”)

開発版でしか対応していない場合などは。目的を考えれば基本的には安定版を使うべきだろう。

プロジェクト作成

プロジェクトの環境設定でPackratを選択する。作成時にはあえてチェックしないほうがいい？ 基本的にはチェックボックスは全部つける。

上記のオプションでGit ignoreのチェックボックスを両方ともオンにすれば自動的にプロジェクトの「.gitignore」に以下を追記される。

packrat/lib*/
packrat/src/

また

.Rprofile
packrat/init.R
packrat/packrat.lock
packrat/packrat.opts

をGit管理にすることでこれらの履歴も取れる。いつそのパッケージを使い始めたかが追えるようになるか。

上記チェックボックスを全てチェックして「OK」を押すと

packrat::init(options = list(auto.snapshot = TRUE, vcs.ignore.src = TRUE, use.cache = TRUE))

を実行するのと同じことになる（というか実行される）。

プロジェクト内の「packrat」フォルダに使用しているパッケージのソースが置かれ、グローバルキャッシュを設定していれば実際のパッケージはそのキャッシュフォルダに置かれる。.Rprofileにpackratを使用していることが記載され、/packrat/packrat.lockにパッケージ情報が記載される。

packrat::init()のdetached関連エラー packrat::init() （あるいは上記オプション付きの）でdetached関連のエラーが出る場合 packratはlibrary(XXX)で読み込まれているパッケージXXXを処理中にdetach(package:XXX)で自動的にデタッチしようとする模様でそれに失敗して処理が止まって初期化できない。 （設定していたつもりで更新とかしてなかったLDLT donorの研究用のプロジェクトで発生）

Error: package ‘Formula’ is required by ‘Hmisc’ so will not be detached

この場合packratによるパッケージインストールの際にHmiscパッケージが読み込まれていて、そのためにFomulaパッケージをデタッチできないのでインストールできません、という内容なので、packratの処理中はできるだけ各種ライブラリが読み込まれていない状態にする。

→と書いてあるけどやっぱりうまくいかない気がする。一番最初に設定しないとだめかなあ。やり直してみるかねえ。

→何回やってもうまくいかないので新規プロジェクトを作成して必要なものだけインストールしていく方針に。次からはきちんと初期設定をしよう。

External Packages（ユーザライブラリから使用するパッケージ）の設定

external.packages、あるいは上記プロジェクト設定で指定する。Bioconductor annotation packagesのように巨大で複製したくないようなパッケージを指定する（もちろん指定したパッケージはプロジェクト毎のバージョン指定にはできなくなる）。

Rで古いバージョンのパッケージをインストールする

パッケージのバージョン、特にメジャーバージョンアップではかなり大きく挙動が変更される場合がある。研究や論文の図ではそのための修正をいちいちやるのは現実的ではないので、Rコードの再現可能性保持を行う必要があり、Packratによるプロジェクト環境の維持とともに、古いバージョンのパッケージのインストールが必要になることがある。

CRANに関してはdevtools::install_version、Githubに関してはdevtools::install_githubを利用する。devtoolsの利用にはそれぞれのOSでの開発環境の準備が必要になる。macOSでHomebrewとか使うならどうせ入っているのでこれが一番スタンダードで使い続けやすい方法になるだろう。Packratでの制御も考えると面倒でもこれでやるのが一番か。

devtools::install_version("ggplot2", version = "2.2.1")

devtools::install_github(repo, ref = "master", subdir = NULL)

devtools::install_github("ewenharrison/finalfit@9438bc2d9a")

install.packages("/path/to/source.tar.gz", repos=NULL, type="source")

packageurl <- "http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ggplot2_0.9.1.tar.gz"
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")

InstallOldPackages(pkgs = "パッケージ名", versions = "バージョン")

Rのメジャーバージョンアップ時の対応

手動でパッケージリストを取り出してアップデート。ただし全部標準のinstall.packages()に投げているのでCRANからのインストールになるため、結局必要に応じてgithub分などを処理することになると思われる。 （2018/05/02に3.5.0へのメジャーアップデート対応はこれで行った）

# ユーザーライブラリのパスにあるパッケージ一覧を取得
libs.name <- list.files(path=Sys.getenv("R_LIBS_USER"))

# 一覧を投げて全部再インストール
install.packages(libs.name)